OBJECTIVES: O Ministério da Saúde possui um papel central no financiamento de pesquisas que atendam às necessidades de geração de evidências científicas na área de saúde pública e que proponham ações voltadas ao enfrentamento dos problemas de saúde relevantes no Brasil. Neste sentido, o objetivo deste trabalho é identificar lacunas de pesquisa em saúde mental, ênfase em depressão, considerado um dos temas prioritários. As lacunas identificadas respaldarão a elaboração de editais de pesquisa a serem financiados pelo Ministério da Saúde.  METHODS: Para identificar prioridades de pesquisa no tema foram acessados o sítio eletrônico da área de Saúde Mental do Ministério da Saúde e documentos institucionais. Foram realizadas buscas estruturadas para revisões sistemáticas, metanálises e estudos de custo-efetividade publicados nos últimos dez anos em quatro bases de dados – Pubmed, The Cochrane Library, Lilacs e Prospero. Objetivando evitar duplicidade de financiamento de pesquisas, acessou-se ainda o sistema do Ministério da Saúde – Pesquisa Saúde. Os estudos recuperados foram triados com base na leitura dos títulos e resumos. As lacunas foram identificadas após leitura dos artigos incluídos, e as perguntas de pesquisa, formuladas. RESULTS: Foram encontradas 336 revisões sistemáticas e metanálises. Após triagem por títulos e resumos, foram incluídas 23 referências. As lacunas de pesquisa identificadas referiam-se às características clínicas e epidemiológicas, diagnóstico e tratamento da depressão, sendo relativas à: identificação de fatores de risco para depressão na infância, na adolescência e na gestante; prevalência da depressão associada a outras comorbidades; associação entre depressão e exposição a pesticidas em trabalhadores rurais; associação entre depressão e uso de drogas ilícitas; efetividade das intervenções no combate à depressão e causas de abandono ao tratamento. CONCLUSIONS: A metodologia para a identificação das lacunas foi inovadora, factível e eficaz. A busca sistemática recuperou estudos que abordaram a depressão no Brasil e que apontavam lacunas de pesquisas nessa área.