OBJECTIVES::  Comparar a incidência de eventos adversos em duas unidades de atendimento clínico durante um ano, classificá-los quanto à evitabilidade e à gravidade, identificar variáveis associadas e analisar os custos diretos relacionados ao tratamento dos eventos adversos. METHODS::  Estudo observacional, transversal, em população de pacientes hospitalizados. Foi utilizado o IHI (Institute for Healthcare Improvement) Global Trigger Tools para detecção de eventos adversos como método de rastreio de casos. A amostragem de 480 prontuários foi aleatória sistemática, realizada entre prontuários de pacientes clínicos do Sistema Único de Saúde, internados em duas unidades com características de gestão diferentes: Unidade de Práticas Integradas (UPI) e Unidade de Estrutura Funcional (UEF). Os custos do tratamento de eventos adversos ocorridos na amostra foram comparados entre os dois grupos. RESULTS::  Características do grupo UPI: 51,3% sexo feminino, média de idade 63,17 anos (DP= 16,66) e média de tempo de internação de 12,83 dias (DP = 13,36). Características do grupo UEF: 50% do sexo feminino; média de idade de 61,22 anos (DP= 15,98) e média de 8,70 dias de internação (DP= 11,20) Foram identificados 9,2% eventos adversos por admissão e 72% destes ocorreram na UEF. O tempo médio de internação 21,7 dias (p<0,05) e a média de idade 64,1 anos (p>0,05) foram comparativamente maiores nas internações com evento Foram considerados evitáveis 87,1% dos eventos adversos e as categorias de dano mais frequentes foram as de menor gravidade. Aproximadamente 71% do custo total das internações que apresentaram evento adverso representam gastos com diárias extras e procedimentos corretivos. No grupo UEF o gasto com eventos adversos foi 36% maior do que no grupo UPI. CONCLUSIONS:: A porcentagem maior de eventos encontrado na UEF sugerem que novas formas de gestão, como a UPI, devem ser consideradas para redução de eventos adversos e seus custos.