BACKGROUND: A resistência antimicrobiana (RAM) é um problema global crescente e preocupante na comunidade científica, que levou a Organização Mundial da Saúde a alertar governos e autoridades para a questão de saúde pública. No Brasil, o assunto tornou-se pauta nas agendas de saúde, agropecuária, pesca e aqüicultura. Algumas ações de prevenção, monitoramento e combate à RAM estão sendo tomadas, focadas, especialmente, em patógenos de interesse comum à saúde humana e animal. A fim de melhor subsidiar tais ações, o Departamento de Ciência e Tecnologia do Ministério da Saúde do Brasil (DECIT/MS) resolveu quantificar as pesquisas sobre o tema já fomentadas pelo DECIT e com isso identificar lacunas nacionais em gestão em ciência e tecnologia em saúde sobre RAM. OBJECTIVES: Identificar as pesquisas nacionais sobre RAM fomentadas pelo DECIT para melhor informar a tomada de decisão das autoridades brasileiras quanto às estratégicas para redução da propagação da RAM no País. METHODS: Realizou-se busca no sítio Pesquisa Saúde(que contém as pesquisas financiadas pelo DECIT) com os termos: “resistência microbiana” e “resistência antimicrobiana”. Após recuperação dos resultados, excluíram-se as duplicatas e procedeu-se a análise dos dados. RESULTS: Desde 2004, o DECIT aplicou R$1,3 milhão em 17 projetos na área, dos quais a maioria versava sobre pesquisa biomédica e o processo saúde-doença. A maior parte dos recursos fomentados foi consumida por biotecnologias. Poucas pesquisas abordavam o sistema de saúde e o planejamento e a gestão de políticas, programas e serviços. Há, portanto, carência nacional de dados científicos sobre: impacto da RAM sobre a morbimortalidade, tempo de colonização do paciente após alta hospitalar e ônus econômico para o sistema de saúde. CONCLUSIONS: Tais achados poderão auxiliar as pastas governamentais a estabelecer prioridades nacionais para vigilância, prevenção, controle e combate à RAM.