OBJECTIVES:: Estimar el costo médico de la enfermedad de Crohn en un centro asistencia de Bogotá, Colombia durante el 2016. METHODS:: Se realizó un estudio de costos utilizando una metodología de caso tipo. Los recursos se clasificaron en 5 grupos: consultas ambulatorias, pruebas diagnósticas, cirugía, hospitalización y medicamentos. La utilización de los recursos fue validad por expertos. Los costos se recolectaron del manual tarifario SOAT 2016, la guía de precios de medicamentos del Sistema General de Seguridad Social en Salud y fuentes primarias (Entidades Promotoras de Salud). El costo se estimó según los grados de severidad definidos por Clinical Disease Activity Index (CDAI) y para los pacientes con resección quirúrgica y fistulotomía. RESULTS:: El costo médico estimado de la enfermedad de Crohn varío de acuerdo a la severidad de la enfermedad entre $10.181.561 (US $ 3.393,85) y $26.646.779 (US $ 8.882,26) de pesos colombianos. El 44.71% del costo se asoció al uso de tecnologías diagnósticas, 34.40% medicamentos, 10.36% hospitalización y urgencias, 8.06% cirugía y 2.45% consulta ambulatoria. Esta distribución fue diferencial de acuerdo a la severidad de la enfermedad observando un aumento en los costos hospitalarios y quirúrgicos en los pacientes con enfermedad de Crohn moderada-severa y quirúrgica. CONCLUSIONS:: De acuerdo con los resultados, la enfermedad de Crohn genera un costo que representa más de 10 veces el monto asignado per cápita en el Sistema de Salud colombiano. Este estudio es una primera aproximación a la estimación del costo de la enfermedad en un escenario específico en el país. Se requieren estudios longitudinales con base en pacientes para poder determinar el costo real de la patología.