OBJECTIVES: determinar desde la perspectiva del sistema de salud, cuál es el curso de acción con mayor beneficio neto (BN) para realizar el diagnóstico de las distrofias musculares de Duchenne o Becker en Colombia. METHODS: se construyeron árboles de decisiones y se compararon diferentes cursos de acción considerando las pruebas: Inmunohistoquímica (IHQ), Western Blot (WB), Reacción de la Polimerasa en Cadena Múltiplex (PCR Múltiplex), Prueba de Amplificación dependiente de Ligación Múltiple (MLPA) y la secuenciación completa del gen de la distrofina. El horizonte temporal es acorde a la duración de la extracción y análisis de las muestras. Las probabilidades de transición se obtuvieron de una revisión sistemática. Los costos se construyeron con metodología caso tipo, mediante el consenso de expertos, y la valoración de los recursos con consultas a laboratorios y al manual tarifario ISS 2001. Se realizaron análisis de sensibilidad determinísticos y de escenarios, con una o más alternativas no disponibles. Los valores se convirtieron de $ COP a $ USD de acuerdo a la tasa de cambio representativa del mercado promedio del año 2014 de $ 2.000,44. RESULTS: para el caso base, WB es una estrategia dominante, con un costo de 419,07 USD y una sensibilidad del 100%. Este resultado se mantiene mientras la sensibilidad de la técnica sea de 98,2% y su costo no supere 837,38 USD. Sí WB no está disponible, IHQ tendría el mayor BN, y en ausencia de las anteriores, la MLPA más secuenciación reportaría el BN más alto.  CONCLUSIONS: WB es costo efectiva para el diagnóstico de pacientes con sospecha de distrofia muscular de Duchenne o Becker en el sistema de salud colombiano. La prueba IHQ se perfila como el second best