INTRODUCTION Los altos costos generados por el actual perfil epidemiológico y la introducción de nuevas tecnologías, impactan en los sistemas públicos, panorama que se complica cuando el gasto en salud es bajo, en especial para medicamentos, donde la mayor parte de este gasto es de bolsillo. Ello hace ineludible el diseño de estrategias para solventar los retos, como fué el fortalecimiento del CBCISS. OBJECTIVES: Describir los resultados del proceso de actualización de medicamentos al CBCISS para garantizar la eficacia, seguridad y eficiencia de insumos utilizados en las instituciones públicas de salud. METHODS: Se realizó un corte transversal del proceso de actualización de medicamentos, de septiembre del 2011 a diciembre del 2012, con un análisis descriptivo para cada etapa (valoración, evaluación y dictamen). RESULTS: De 394 solicitudes recibidas y valoradas, 244 (62%) correspondieron a medicamentos, de ellas, 151 (62%) cumplieron los requisitos para su evaluación (32% fueron modificaciones y 68% inclusiones), se dictaminaron procedentes el 42% (61% de las modificaciones y 33% de las inclusiones). El 73% de las inclusiones procedentes fueron por consenso, 12% condicionadas a baja de precio y 6% por mayoría de votos, esencialmente. Las principales causas de rechazo fueron: falta de evidencia clínica (31%) y problemas metodológicos en la evidencia económica (27%).  CONCLUSIONS: El fortalecimiento del proceso se realizo con rigor metodológico basado en análisis crítico de evidencia científica, con transparencia y legitimidad bajo un marco legal para favorecer la optimización de recursos. El mayor porcentaje de solicitudes fueron para medicamentos, que constituyen la tecnología terapéutica más utilizada, que requiere una selección adecuada para garantizar mayor beneficio al menor riesgo y costo posible. La evaluación económica fue herramienta de apoyo para considerar además del precio, el valor de la salud determinado por la calidad de la evidencia, estableciendo un PIB como límite de disposición a pagar.