OBJECTIVES: análise de custo-efetividade comparando as técnicas de fechamento de comunicação interatrial do tipo ostium secundum: cirurgia convencional e implante percutâneo com oclusor septal; na perspectiva do sistema único de saúde (SUS) brasileiro. METHODS: realizada revisão sistemática da literatura através de busca em bases de dados primárias. Avaliação da qualidade da evidência apresentada feita através do GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation). A partir da metanálise de 15 artigos foram selecionados os desfechos de fechamento do CIA, complicações e reprocedimento. Proposto um modelo matemático de árvore de decisão que foi utilizado para estimar a razão custo efetividade entre o procedimento de cirurgia convencional e o implante percutâneo com oclusor septal, através do software TreeAge 2012 Pro. O desfecho utilizado como dado de eficácia foi o número de cirurgias realizadas. Determinação dos custos: calculou-se o consumo de recursos variáveis de acordo com o volume de atendimentos entre 2007 e 2010, em um hospital especializado em cardiologia de alta complexidade do Ministério da Saúde. Custos fixos específicos: procedimentos e serviços hospitalares e profissionais foram determinados a partir de valores tabelados retirados do Sigtap (Sistema de Gerenciamento da Tabela de Procedimentos, Medicamentos e OPM do SUS, versão 1.2.0909141204; competência novembro de 2012)  RESULTS: reprocedimento: cirurgia = 0,37%; implante = 1,44% ; complicações: cirurgia = 12,87%; implante = 3,89%; fechamento: cirurgia = 99,11%; implante imediato = 93,23% e implante  Follow-up = 95,21%; custos cirurgia: procedimento = R$ 22.045,70; complicações = R$ 1.038,28; custos implante percutâneo: procedimento = R$ 17.671,87; complicações= R$ 421,02. Ao rodarmos o modelo de árvore de decisão; o resultado foi favorável ao implante percutâneo, com um custo de R$18.408,86, com a probabilidade de ocorrência de cirurgia em 7% dos casos. CONCLUSIONS: O fechamento da comunicação interatrial  por implante percutâneo de oclusor septal demonstrou ser o procedimento mais custo efetivo, quando comparado a cirurgia convencional.