OBJECTIVES: Analizar las actualizaciones hechas al cuadro Básico y Catálogo de Medicamentos (CBM) del Sector Salud en el periodo 2006-2010. Analizar el grado de apego al CBM en las compras de medicamentos realizadas por diferentes instituciones del sector público de salud en el periodo 2006-2009. METHODS: Se identificaron en el Diario Oficial de la Federación las actualizaciones (inclusiones, modificaciones y exclusiones) realizadas al CBM en el periodo de 2006-2010. Se analizó información de compra pública de medicamentos para el periodo 2006-2009. Para el procesamiento de la información se construyó una base de datos con la información en el programa estadístico Stata. RESULTS: En el periodo 206-2010 se han realizado 24 actualizaciones al CBM. En total se realizaron 359 cambios de los cuales el 39% corresponden a inclusiones, 53% actualizaciones y un 8% a exclusiones. El 78% de los cambios fueron realizados al Cuadro Básico de Insumos para el primer nivel de atención y el 22% restante al Catálogo de Insumos para el segundo y tercer nivel. Se identificó que aproximadamente sólo se compró el 80% del total de medicamentos listados en el CBM además de que se identificaron medicamentos cuyas presentaciones y/o sustancias activas no se encuentran listados en el CBM. CONCLUSIONS: La creación del CBM siguió tres objetivos fundamentales: promover la presentación uniforme para los medicamentos que adquiera el sector público; servir como instrumento de orientación para una prescripción adecuada así como evitar la dispersión de criterios institucionales; y servir como guía para la adquisición correcta de medicamentos. Los resultados encontrados dan evidencia de que estos objetivos no se están cumpliendo por lo que es necesario reordenar y analizar el contenido y uso que se da al CBM en las instituciones del sector público.