OBJECTIVES::  Evaluar para Ecuador la costo-efectividad del tamizaje de cáncer de cuello uterino con pruebas moleculares de detección de ADN de virus de papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) comparada con citología convencional. METHODS::  Se adaptó un modelo de costo-efectividad basado en un modelo de Markov elaborado en MS Excel que compara el impacto clínico y económico del uso de pruebas moleculares de detección de ADN de VPH-AR versus citología convencional para la detección oportuna de cáncer de cuello uterino. Se estimaron razones de costo-efectividad de las estrategias en términos de su costo por DALY evitado desde la perspectiva de la sociedad y del gobierno. Se consideraron los costos directos e indirectos del tamizaje y la atención por cáncer de cuello uterino, con una tasa de descuento del 3% para los costos y los resultados en salud, y un horizonte temporal de 40 años. La robustez de los resultados se evaluó mediante un análisis de sensibilidad determinístico. RESULTS:: La razón de costo efectividad incremental del tamizaje mediante pruebas de VPH-AR a intervalos de 3 años fue de US$ 5 251.30 desde la perspectiva de un tercer pagador público, y US$ 3 482.34 desde la perspectiva de la sociedad. A intervalos de 5 años la RCEI fue US$ 1 085.74 desde la perspectiva de gobierno, y US$ -5 926.90 desde la perspectiva de la sociedad. CONCLUSIONS::  El tamizaje mediante el uso de pruebas moleculares para la detección de ADN de virus de papiloma humano de alto riesgo es una intervención altamente costo-efectiva, y potencialmente costo-ahorrativa, comparada con el tamizaje mediante citología convencional utilizado en la actualidad en Ecuador. El impacto económico sería potencialmente menor si se logran economías de escala que permitan la reducción del precio de mercado actual de las pruebas utilizadas para el tamizaje.