OBJECTIVES:: Analisar o processo de constituição de Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas (PCDT) para doenças negligenciadas no âmbito do Ministério da Saúde. Esses documentos, que se baseiam em evidências científicas, estão previstos na Lei 8.8080/90, que dispõe sobre a organização do Sistema Único de Saúde (SUS) no Brasil. METHODS:: Foram consideradas as seguintes etapas para elaboração dos PCDT: 1) Manifestação formal das áreas técnicas responsáveis pela vigilância dos agravos sobre a relevância da constituição dos PCDT; 2) Construção participativa do escopo do PCDT, por um comitê gestor, que envolve a participação de áreas interessadas, no âmbito do Ministério da Saúde; 3) Submissão do escopo à enquete, de forma a permitir a participação da sociedade na definição da abrangência do PCDT; 4) desenvolvimento do processo de busca, seleção e síntese de evidências por grupos de metodologistas externos; 5) Avaliação das evidências e elaboração das recomendações utilizando o Sistema GRADE; 6) submissão do PCDT à Comissão Nacional de Incorporação de Tecnologias no SUS (Conitec) e suas subcomissões, de acordo com trâmites estabelecidos por lei. RESULTS:: Inicialmente foi proposta a elaboração de nove PCDT para doenças negligenciadas, dos quais seis (67%) estão em fase de elaboração. Até o momento, foram finalizados, após recebimento de contribuições da sociedade por meio das enquetes, os escopos de PCDT das seguintes doenças: doença de Chagas, leishmaniose visceral, leishmaniose tegumentar, chikungunya, febre maculosa e malária. As enquetes representam uma inovação, pois conferem publicidade e transparência ainda no processo inicial de elaboração. Os PCDT estão em fase de desenvolvimento e, uma vez concluídos, constituirão normas e recomendações sobre o diagnóstico, tratamento e acompanhamento de pacientes no âmbito do SUS. CONCLUSIONS::  A constituição de PCDT para doenças negligenciadas no Brasil proporcionará qualificação do cuidado aos pacientes, além de agregar conhecimento sobre as doenças negligenciadas e fortalecer as políticas públicas de saúde no Brasil.