OBJECTIVES: Apresentação do Programa de Apoio ao Desenvolvimento Institucional do Sistema Único de Saúde (PROADI-SUS) como meio de desenvolvimento institucional do SUS através de parcerias entre o Ministério da Saúde (MS) e as entidades de saúde de reconhecida excelência.  METHODS: O PROADI-SUS permite que os valores de isenção de impostos dos assim chamados Hospitais de Excelência possam ser convertidos de forma positiva quando aplicados à pesquisa e ao treinamento de recursos humanos. Assim, as isenções podem alcançar todos os tipos de tributo (impostos, taxas, contribuições de melhoria, empréstimos compulsórios e contribuições especiais). Cada esfera de Governo (federal, estadual e municipal) legisla sobre a isenção dos tributos de sua competência. A apresentação e a análise se darão conforme Portaria nº 1.826 / 2012 que veio como uma das regulamentações da Lei 12.101/2009. Para isso o Ministério da Saúde define e divulga anualmente os temas e objetivos prioritários para a elaboração de projetos de apoio ao desenvolvimento institucional do SUS, a serem executados em um período de três anos.  RESULTS: No âmbito da avaliação e gestão em saúde, a entidade de saúde, reconhecida excelência, está apta a apresentar projetos PROADI-SUS no âmbito da Avaliação e Incorporação de Tecnologia no SUS. No triênio 2012 – 2014 foram contempladas 5 instituições no programa. Vários projetos foram aprovados envolvendo um valor estimado de R$ 90.097.871,53 reais. CONCLUSIONS: O programa Proadi-SUS favorece ao SUS a construção de conhecimentos e práticas sustentáveis ao sistema de saúde, por meio de uma parceria público-privada, entre o Estado e a sociedade. Nesse triênio (2012 – 2014), cerca de 3660 pessoas foram especializadas ou qualificadas em 2013 e serão concluídos até 2014, 37 estudos e 2 pesquisas. Os resultados desses projetos orientaram tomada de decisões de gestores, assim como a melhoria dos serviços prestados a sociedade com profissionais especializados e qualificados.