OBJECTIVES: Estimar los costos de las Enfermedades Metaxénicas (EMTX) en los establecimientos del Ministerio de Salud del Perú. METHODS: Se realizó una evaluación económica parcial de tipo costo de enfermedad (CE). La población de estudio fue una cohorte hipotética de pacientes con EMTX afiliada al Seguro Público de Salud (Seguro Integral de Salud). Los costos se estimaron desde la perspectiva del financiador tomados para el año 2014. La definición de los esquemas de manejo clínico (procedimientos médicos y medicamentos para prevención, diagnóstico, tratamiento y seguimiento de la enfermedad) provienen de las Condiciones Asegurables del Plan Esencial de Aseguramiento en Salud (PEAS). Cada esquema de manejo clínico se ha estimado con la metodología de costeo estándar. El costo total fue ajustado por factores de oferta, demanda y adherencia.  RESULTS: La cohorte hipotética de EMTX es de 396,592 personas para el año 2014, de las cuales 5,434 corresponden a Dengue; 575 a Bartonelosis; 34,371 a Fiebre Amarilla; 91,982 a Tripanosomiasis; 11,131 a Leishmaniosis; y 253,099 a Malaria; (Incidencia de Dengue: 0.05%, Incidencia de Bartonelosis: 0.03%, Incidencia de Fiebre Amarilla: 0.0004%, Incidencia de Tripanosomiasis: 0.85%, Incidencia de Leishmaniosis: 0.04%, Incidencia de Malaria vivax: 0.23%, incidencia de malaria falciparum: 0.01%). El costo total para EMTX es de 6,309,054 dólares correspondiendo para Dengue 320,535 dólares, Bartonelosis 193,488 dólares, Fiebre Amarilla 296,326 dólares, Tripanosomiasis 3,142,325 dólares, Leishmaniosis 68,285 dólares y para Malaria es de 2,288,096 dólares. El costo total correspondiente a prevención es 2,121,011 dólares (33.6%), diagnóstico 1,195,563 dólares (18.9%), tratamiento 1,297,189 dólares (20.6%) y para seguimiento 1,695,292 dólares (26.9%). El costo fijo correspondió a 3,387,381  dólares (53.7%) y el costo variable a 2,921,693 dólares (46.3%). CONCLUSIONS: El costo anual total para Enfermedades Metaxénicas se estimó en 6,309,054 dólares. Este monto representa el 5.8%  del presupuesto anual 2014 del Programa Presupuestal Enfermedades Metaxénicas y Zoonosis.