OBJECTIVES: Describir y analizar el proceso de toma de decisiones sobre cobertura financiera de medicamentos en el sistema público de salud en Chile. METHODS: Tomando como base el marco conceptual de Hutton se identificaron los ámbitos a analizar. Se utilizaron fuentes de evidencia primaria y secundaria. Se realizó un levantamiento de información sobre Programas del sector público que incluyen cobertura de medicamentos. Se realizó una revisión documental de reglamentos y orientaciones de programas, identificando a 25 informantes claves que fueron entrevistados para recoger antecedentes adicionales. Finalmente se elaboró una  categorización de los tipos de proceso encontrados. RESULTS: Se observan varias instancias de decisión de cobertura en distintas áreas y niveles dentro de la autoridad sanitaria, identificándose distintos modelos de toma de decisiones. Sólo algunos Programas han incorporado formalmente el uso de evidencia en su proceso de toma de decisiones. En la mayoría de ellos la decisión de cobertura carece de un proceso claro y existen amplios espacios de discrecionalidad. La implementación de las decisiones se lleva a cabo en su mayoría a través de presupuestos silo.   CONCLUSIONS: El proceso de toma de decisión de cobertura de medicamentos en Chile corresponde a un modelo descentralizado. El sistema de salud podría beneficiarse de avanzar en la definición más transparente de sus procesos y la incorporación de herramientas de ETESA.