OBJECTIVES: En Infección de Vías Respiratorias Altas (IVRA) frecuentemente se prescriben innecesariamente antibióticos, lo que favorece la resistencia e incrementa los costos. Se ha demostrado que  la proteína C reactiva (PCR) -marcador de respuesta inflamatoria aguda-, orienta en la prescripción de antimicrobianos. El estudio estimó desde la perspectiva del proveedor de servicios de salud el costo-efectividad de contar con la determinación de PCR en una unidad de atención primaria del Instituto Mexicano del Seguro Social(IMSS). METHODS: Entre febrero y junio de 2012, se realizó un estudio comparativo en pacientes con diagnóstico de IVRA, quienes fueron asignado aleatoriamente a un grupo con la determinación de PCR, cuyo punto de corte para apoyar el uso de antibiótico fue > 100 mg/L; o, sin la prueba. En ambos grupos la atención siguió el proceso habitual y los médicos tuvieron libertad de decisión. El seguimiento fue por 7 días. Se midió la tasa de prescripción de antibióticos y la satisfacción del paciente. Los costos se estimaron con los recursos utilizados durante el seguimiento y se expresaron en dólares norteamericanos (tasa de cambio 12.65 pesos/dólar). Se realizó análisis de sensibilidad probabilístico. RESULTS: Se incluyeron 103 pacientes con PCR y 118 sin PCR. La tasa de prescripción de antibióticos en el grupo de PCR fue 0.33(IC95% 0.23–0.42) y sin PCR 0.81(IC95% 0.73–0.88) p <0.05. El grado de satisfacción con PCR fue 79%(IC95% 71% - 86%) y sin PCR 63% (IC95% 54% - 71%), p = 0.04. El costo promedio de atención con PCR fue US$52(IC95% US$48 – US$57) y sin PCR US$49(IC95% US$45 – US$54), p<0.05. La utilización de PCR fue dominante en ambos casos y costo-efectivo independientemente de la disposición a pagar. CONCLUSIONS: Incluir al proceso de atención de IVRA la determinación capilar de PCR es una alternativa costo-efectiva en el IMSS.