OBJECTIVES: Estimar la costo-efectividad del antibiótico oral vs local en mujeres no gestantes con flujo vaginal sugestivo de vaginosis bacteriana. METHODS:  Se compararon cuatro combinaciones de antibióticos para primera opción y ante falla clínica: clindamicina vaginal y tinidazol oral dosis única; clindamicina vaginal y secnidazol oral dosis única; tinidazol oral dosis única y clindamicina vaginal; secnidazol oral dosis única y clindamicina vaginal. Se construyó un modelo de Markov para representar de manera general la historia natural de la vaginosis bacteriana. El cambio en el tratamiento ante recurrencia sin eventos adversos se modeló como un caso particular mediante un árbol de decisión. La perspectiva fue la del sistema de salud incluyendo todos los costos directos. Todas las cifras monetarias se expresaron en pesos colombianos de 2010. La unidad de resultado fue la mejoría clínica. Los datos de efectividad, seguridad, persistencia y recurrencia se extrajeron de la literatura. Se calculó la razón de costo-efectividad incremental y se realizaron análisis de sensibilidad univariados y probabilísticos. RESULTS:  Tanto para el caso general como el particular, el esquema clindamicina vaginal como primera opción y tinidazol oral dosis única, para tratar persistencia con eventos adversos y recurrencia es una estrategia dominante ya que es menos costosa y más efectiva comparado con los demás esquemas de tratamiento. Para 1.000 pacientes, el costo de la alternativa dominante es de $16.795.411 con mejoría en 985 casos en el modelo general y de $23.979.230 con mejoría en 903  casos en el caso particular. CONCLUSIONS:  Clindamicina vaginal como primera opción para el tratamiento de la vaginosis bacteriana y tinidazol vía oral dosis única para tratar persistencia con eventos adversos a la clindamicina y recurrencia es costo-efectiva para Colombia. Los resultados fueron robustos a variaciones en los parámetros del modelo.