OBJECTIVES: Chile ha avanzado en el desarrollo de investigación en salud (IS). Sin embargo, aún falta definir un marco conceptual que de soporte a una política de IS de largo plazo. El nuevo Plan Nacional de Salud 2011-2020(PNS) ha incluido, por primera vez, como objetivo el desarrollo de IS en Chile.  El presente reporte presenta los lineamientos directrices de la política de IS en Chile para el nuevo PNS.  METHODS: El Ministerio de Salud convocó a un sub-comité de profesionales vinculados a salud para desarrollar aspectos a considerar en una política de IS.  Se realizó una revisión de situación de IS en Chile, identificando elementos teóricos y empíricos centrales para fortalecer su desarrollo. A partir de múltiples encuentros de discusión temática, se definieron metas de IS al año 2020 y estrategias para su cumplimiento. RESULTS: El comité definió los siguientes cinco lineamientos: (1)La inversión en IS-aplicada debe ser consistente con objetivos de salud definidos por PNS; (2)IS se justifica desde el presupuesto de salud si permite resolver incertidumbre de la autoridad sanitaria, reduciendo el costo-esperado de decisiones incorrectas; (3)Se adopta el marco teórico de investigación traslacional que incluye distintos niveles/tipos de IS, alineados con necesidades/prioridades de la autoridad; (4)Se deben explicitar los tópicos de IS y establecer mecanismos transparentes para su priorización (priority-setting-methodology); dichos tópicos deben articularse con la evaluación de nuevas intervenciones y considerar la colaboración con sociedades-científicas; (5)Se debe potenciar la vinculación pública-académica-privada en la ejecución y financiamiento de proyectos. A partir de estos lineamientos, se definieron las metas y estrategias para IS en PNS, conforme a necesidades, restricciones y desafíos actuales del país. CONCLUSIONS: Este reporte destaca las bases conceptuales y lineamientos del desarrollo de una política de IS en Chile.  Las metas y estrategias para el nuevo PNS son definidas a partir de esta iniciativa.