OBJECTIVES: :La comunicación interatrial (CIA) es la segunda cardiopatía congénita en la infancia y la tercera en el adulto. Realizamos un análisis costo-efectividad del cierre de la CIA con Técnica Percutánea (TP) con oclusor Amplatzer septal occluter ASOÒ vs Técnica Quirúrgica (TQ), desde la perspectiva del proveedor de servicios de  salud. METHODS: : Mediante una cohorte prospectiva de pacientes con CIA atendidos en un hospital de tercer nivel del Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de  los Trabajadores del Estado (ISSSTE), se identificaron y compararon los costos y efectividades del cierre con TP y con TQ, en 8 meses de seguimiento. La medida de efectividad fue el éxito clínico en el cierre sin complicaciones mayores al final del seguimiento (ECSCM). Se estimo el costo promedio por paciente y rango intercuartílico, mediante la identificación y cuantificación de los recursos utilizados durante el seguimiento. Los costos unitarios se obtuvieron de bases de datos de la institución. Los costos se expresaron en pesos mexicanos del 2010. Se definió un valor de p <0.05 como estadísticamente significativo y se utilizaron las pruebas de U de Mann Whitney y Chi cuadrada. RESULTS: : Entre  Enero de 2008 y Diciembre de 2009 se estudiaron 89 pacientes con CIA; 51 fueron tratados con TQ y 38 con TP, la  ECSCM con TQ fue  69% vs. 94%  con TP (p<0.05). El costo  promedio por paciente en el grupo de TQ fue: $137,495.16 ($108,418.10-$146,661.60) vs.   $99,850.96 ($99,746.50-$102,008.90)  con TP   (p<0.05). El costo por paciente con ECSCM con TQ fue $225,395.34  vs.  $109,509.72 con TP. El costo-efectividad incremental del tratamiento con TP vs TQ es de -$124,719.00. CONCLUSIONS:  El cierre de la CIA, en una institución de seguridad social mexicana mediante TP es costo-ahorradora al compararse con la TQ, información que debe ser considerada por los tomadores de decisiones.