OBJETIVOS: Analisar gastos elevados com medicamentos do Programa de Medicamentos Excepcionais do Ministério da Saúde. METODOLOGIA: Trata-se de um estudo de gastos do Ministério da Saúde com medicamentos do Programa de Medicamentos Excepcionais. Os dados foram provenientes dos registros das Autorizações de Procedimentos de Alta Complexidade, obtidos por pareamento probabilístico-determinístico, o qual gerou uma coorte histórica com 611,419 indivíduos com registros de gastos no período de 2000-2004. Foram analisadas as características dos usuários que apresentaram gastos elevados no período de 2000-2004, que incluíram os gastos totais situados a partir do percentil 99, em uma distribuição de gastos feitos para cada indivíduo, ordenada em ordem crescente. Fez-se uma descrição segundo a distribuição etária, sexo, região de residência, medicamentos utilizado no início do tratamento e diagnóstico no início do tratamento, agrupados por capítulos da Classificação Internacional de Doenças (CID-10). RESULTADOS: Dentre os usuários, 6,114 indivíduos (1%) produziram os maiores gastos no período, num total de R$772 milhões (26.3% do total). Desses pacientes, 55.1% eram do sexo feminino, 76.5% tinham de 20-59 anos (média de 36 anos) e 56.8% residiam na região sudeste. Os maiores gastos foram observados em maior frequência nos pacientes que iniciaram o tratamento utilizando imiglucerase e interferon (Beta 1a, 1b, alfa peguilado) e que tinham diagnóstico de doenças do sistema nervoso e de doenças endócrinas, nutricionais e metabólicas. CONCLUS'ES: Os medicamentos mais caros são responsáveis por altos gastos do Ministério da Saúde e destinados a uma pequena parcela da população, predominantemente adultos, residentes na região sudeste e portadores de doenças crônicas. Deve-se salientar a importância de sistemas universais de saúde, que possibilitam o acesso ao tratamento dessas doenças, mas que deve ser fundamentado no uso racional de medicamentos. A maioria da população não teria como arcar com estes gastos, tendo em vista a renda per capita nacional.