OBJETIVOS: Identificar co-fatores influentes nos gastos com medicamentos na Atenção Primária de Saúde (APS) de Fortaleza em 2007. METODOLOGIA: Foram pesquisados os dados secundários de aquisição e distribuição de medicamentos no período de Janeiro-Dezembro de 2007 em Fortaleza-CE, através de uma análise retrospectiva de base de dados das Unidades de Saúde (US) operantes no município. Os dados de gastos com medicamentos foram expressos por número de atendimento em cada APS. Modelos de regressão multivariados foram criados para identificar co-fatores influentes nos gastos com medicamentos. A formatação e análise do banco de dados foram realizadas nos programas EXCEL versão 2007 para Windows e SPSS versão 10.0. Os valores econômicos foram descritos em Reais (R$) no ano de 2007. RESULTADOS: Entre as 78 APS estudadas, o gasto médio com medicamentos por atendimento prestado foi de R$2.67. Quando confrontado com as características dos serviços farmacêuticos existentes (i.e., presença de farmacêutico e qualidade da assistência farmacêutica), o modelo de regressão não apresentou variações significativas (R-quadrado=0.016; p=0.555, poder=15%). Entretanto, as características das US (i.e., localização geográfica, volume de medicamentos, e presença de protocolo clínico) foram influentes nos gastos com medicamentos (R-quadrado=0.147; p=0.008). Apesar de aparentemente não influenciar nos gastos com medicamentos, a presença dos farmacêuticos nas UB de saúde é relacionada com melhoria na qualidade da assistência farmacêutica (p=0.009) e acesso aos medicamentos. CONCLUS'ES: Os gastos por atendimento com medicamentos básicos na APS de Fortaleza estão abaixo dos valores pactuados e regulamentados pelas esferas gestoras (R$5.75). Isso pode significar um sub-investimento em medicamentos no Município ou a influência de vieses não identificados na análise. Pesquisas adicionais estão sendo realizadas para avaliar a origem e o destino do saldo de R$3.08 não investidos.